ジャパンネット銀行の手数料体系ですが、全体的に他のネットバンクと比較すると割高感があることは否めません。特に自行内への振込にも手数料が必要になる上、条件を満たさない場合は口座維持手数料も必要になるなどコスト的なデメリットが大きいといえます。